A lo largo de los siglos el monasterios ha sufrido grandes destrozos sobre todo en la guerra de independencia y guerra civil.
Hubo tropas en los Conventos: Concretamente podemos citar los batallones de Numancia y de Fortificaciones, en el monasterio de las carmelitas. En el de las dominicas, si contemplamos las pinturas que alguien realizo en las paredes de la cripta, podemos deducir que en 1937 debió estar acuartelada la 107 Brigada mixta, 83, 103º Compañía, 4º Batallón. Y otra con fecha de 1938, leemos 83ª Brigada, 332 Batallón 2ª compañía, una inscripción que también se hizo en el coro de la iglesia de este monasterio nos da una pista de la procedencia de este ultimo batallón; ¨Prohibido el paso a toda persona ajena a esta compañía catalana, firmado Juan Caraset, 3 Junio de 1938¨
Anteriormente, ya había pasado por aquí la 69ª Brigada mixta. en abril de 1937, al mando del Compositor Gustavo Durán.
El convento, convertido en Cuartel, cerca de Madrid y separado de Madrid, era un lugar “seguro” ya que, conforme un rumor que circula, les avisaron desde Inglaterra -Allí estaba de Embajador el Duque de Alba -para que no “tocaran” las Tumbas del Panteón de dichos señores Duques, cosa que aprovecharon para sentirse asimismo “seguros”, pues no les bombardearían.
Se destruyeron los archivos y fue convertido en cárcel para un buen numero de nacionales, quienes con brigadas de fortificaciones y el batallón de Numancia, salían a construir el llamado «ferrocarril de los noventa días». Restos quedan desde velilla por baños y camino de campo real para enlazar en Tarracón con la línea Madrid-Valencia. cortada, así cómo la carretera n.1111, por la altura del puente de arganda.
Las monjas de los conventos dominicas y Carmelitas se aposentaron en la casa parroquial al principio; allí cosían para los soldados.
Después se repartieron por casas de pueblo. Algunas murieron de muerte natural, cuando les llego la hora. las restantes regresaron a sus conventos finalizada la contienda.
Como muestra de los diferentes acontecimientos en el monasterios de las Dominicas, han quedado contrapuestos dos recuerdos para la Historia. Por una lado, una placa en el panteón de los duques de Alba, en memoria de Don Hernando Fitz-James StuarT y Falcó, conde de Montijo, Familiar de las Casa de Alba, que murió durante la guerra civil; y por otro las pinturas a carboncillo que pintaron los milicianos acuartelados en las paredes de la cripta que a pesar de las obras que se han realizado posteriormente, han sido respetados hasta hoy. Para las generaciones venideras, el monasterio en si mismo, valdrá como testimonio grafico de este capitulo de lo que todavía es nuestra historia resiente.