En la actualidad el altar que presenta lo decoran los frescos de Fernando Calderón, que evocan la pincelada de Miguel Ángel, y están inspirados en la obra de el Greco titulada “El sueño de Felipe II», ubicada en El Escorial. Frente al altar hay una tribuna de hierro forjado, que antiguamente se comunicaba con las estancias privadas del Conde-duque, realizada para oír la misa en sus últimos días.

Desde su fundación este convento y hasta 2013, estuvo habitado por una comunidad de monjas dominicas, dado que el Conde-duque era descendiente de Santo Domingo de Guzmán. En 1645 fueron sepultados bajo el altar los restos de su fundador junto a los de su hija María de Guzmán (Duquesa de Medina de las Torres y Marquesa de Eliche). Los demás descendientes del Conde-duque de Olivares fueron sepultados en una cripta subterránea, hasta que Dª. Catalina de Haro y Guzmán, VI Conde-duquesa de Olivares contrajo matrimonio con D. Francisco Álvarez de Toledo X Duque de Alba. Desde entonces dejó de usarse la cripta como enterramiento principal de esta familia…